GenBank-Updates@genbank.bio.net (08/18/90)
LOCUS COBHSN 6361 bp ss-RNA VRL 18-AUG-1990
DEFINITION Bovine coronavirus hemagglutinin-esterase (HE), spike protein,
and 4.9, 4.8, 12.7, and 9.5 kDa nonstructural protein RNAs,
complete cds, and integral membrane protein, 5' end.
ACCESSION M30612 M30613 M30614 M31052
KEYWORDS hemagglutinin-esterase protein; integral membrane protein;
nonstructural protein; spike protein.
SOURCE Bovine coronavirus (strain Mebus), cDNA to viral RNA.
ORGANISM Bovine coronavirus
Viridae; ss-RNA enveloped viruses; Positive strand RNA virus;
Coronaviridae.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1307)
AUTHORS Kienzle,T.E., Abraham,S., Hogue,B.G. and Brian,D.A.
TITLE Structure and orientation of expressed bovine coronavirus
hemagglutinin-esterase protein
JOURNAL J. Virol. 64, 1834-1838 (1990)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 2 (bases 1248 to 5396)
AUTHORS Abraham,S., Kienzle,T.E., Lapps,W. and Brian,D.A.
TITLE Deduced amino acid sequence of bovine coronavirus spike protein and
identification of the internal proteolytic cleavage site
JOURNAL Unpublished (1989) Univ. TN, Dept. of Microbiology, Knoxville, TN.
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REFERENCE 3 (bases 5063 to 6361)
AUTHORS Abraham,S., Kienzle,T.E., Lapps,W. and Brian,D.A.
TITLE Sequence and expression analysis of potential nonstructural
proteins of 4.9, 4.8, 12.7 and 9.5 kilodaltons encoded between the
spike and integral membrane protein genes of the bovine coronavirus
JOURNAL Unpublished (1989) Univ. TN, Dept. of Microbiology, Knoxville, TN.
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COMMENT Draft entry and computer-readable sequence for [1] kindly submitted
by D.A.Brian, 02-JAN-1990.
FEATURES from to/span description
pept 16 1290 hemagglutinin-esterase precursor
sigp 16 69 hemagglutinin-esterase signal peptide
matp 70 1287 hemagglutinin-esterase
pept 107 517 ORF 1
pept 977 1228 ORF 2
BASE COUNT 1742 a 1028 c 1238 g 2353 t
ORIGIN
1 ctaaactcag tgaaaatgtt tttgcttctt agatttgttc tagttagctg cataattggt
61 agcctaggtt ttgataaccc tcctaccaat gttgtttcgc atttaaatgg agattggttt
121 ttatttggtg acagtcgttc agattgtaat catgttgtta ataccaaccc ccgtaattat
181 tcttatatgg accttaatcc tgccctgtgt gattctggta aaatatcatc taaagctggc
241 aactccattt ttaggagttt tcactttacc gatttttata attacacagg cgaaggtcaa
301 caaattattt tttatgaggg tgttaatttt acgccttatc atgcctttaa atgcaccact
361 tctggtagta atgatatttg gatgcagaat aaaggcttgt tttacactca ggtttataag
421 aatatggctg tgtatcgcag ccttactttt gttaatgtac catatgttta taatggctct
481 gcacaatcta cagctctttg taaatctggt agtttagttc ttaataaccc tgcatatata
541 gctcgtgaag ctaattttgg ggattattat tataaggttg aagctgactt ttatttgtca
601 ggttgtgacg agtatatcgt accactttgt atttttaacg gcaagttttt gtcgaataca
661 aagtattatg atgatagtca atattatttt aataaagaca ctggtgttat ttatggtctc
721 aattctactg aaaccattac cactggtttt gattttaatt gtcattattt agttttaccc
781 tctggtaatt atttagccat ttcaaatgag ctattgttaa ctgttcctac gaaagcaatc
841 tgtcttaaca agcgtaagga ttttacgcct gtacaggttg ttgattcacg gtggaacaat
901 gccaggcagt ctgataacat gacggcggtt gcttgtcaac ccccgtactg ttattttcgt
961 aattctacta ccaactatgt tggtgtttat gatatcaatc atggggatgc tggttttact
1021 agcatactca gtggtttgtt atatgattca ccttgttttt cgcagcaagg tgtttttagg
1081 tatgataatg ttagcagtgt ctggcctctc tattcctatg gcagatgccc tactgctgct
1141 gatattaata cccctgatgt acctatttgt gtgtatgatc cgctaccact tattttgctt
1201 ggcatccttt tgggtgttgc ggtcataatt attgtagttt tgttgttata ttttatggtg
1261 gataatggta ctaggctgca tgatgcttag accataatct aaacatgttt ttgatacttt
1321 taatttcctt accaatggct tttgctgtta taggagattt aaagtgtact acggtttcca
1381 ttaatgatgt tgacaccggt gctccttcta ttagcactga tattgtcgat gttactaatg
1441 gtttaggtac ttattatgtt ttagatcgtg tgtatttaaa tactacgttg ttgcttaatg
1501 gttactaccc tacttcaggt tctacatatc gtaatatggc actgaaggga actttactat
1561 tgagcagact atggtttaaa ccaccttttc tttctgattt tattaatggt atttttgcta
1621 aggtcaaaaa taccaaggtt attaaaaagg gtgtaatgta tagtgagttt cctgctataa
1681 ctataggtag tacttttgta aatacatcct atagtgtggt agtacaacca catactacca
1741 atttggataa taaattacaa ggtctcttag agatctctgt ttgccagtat actatgtgcg
1801 agtacccaca tacgatttgt catcctaatc tgggtaataa acgcgtagaa ctatggcatt
1861 gggatacagg tgttgtttcc tgtttatata agcgtaattt cacatatgat gtgaatgctg
1921 attacttgta tttccatttt tatcaagaag gtggtacttt ttatgcatat tttacagaca
1981 ctggtgttgt tactaagttt ctgtttaatg tttatttagg cacggtgctt tcacattatt
2041 atgtcctgcc tttgacttgt tctagtgcta tgactttaga atattgggtt acacctctca
2101 cttctaaaca atatttacta gctttcaatc aagatggtgt tatttttaat gctgttgatt
2161 gtaagagtga ttttatgagt gagattaagt gtaaaacact atctatagca ccatctactg
2221 gtgtttatga attaaacggt tacactgttc agccaattgc agatgtttac cgacgtatac
2281 ctaatcttcc cgattgtaat atagaggctt ggcttaatga taagtcggtg ccctctccat
2341 taaattggga acgtaagacc ttttcaaatt gtaattttaa tatgagcagc ctgatgtctt
2401 ttattcaggc agactcattt acttgtaata atattgatgc tgctaagata tatggtatgt
2461 gtttttccag cataactata gataagtttg ctatacccaa tggtaggaag gttgacctac
2521 aattgggcaa tttgggctat ttgcagtctt ttaactatag aattgatact actgctacaa
2581 gttgtcagtt gtattataat ttacctgctg ctaatgtttc tgttagcagg tttaatcctt
2641 ctacttggaa taggagattt ggttttacag aacaatttgt ttttaagcct caacctgtag
2701 gtgtttttac tcatcatgat gttgtttatg cacaacattg ttttaaagct ccctcaaatt
2761 tctgtccgtg taaattggat gggtctttgt gtgtaggtaa tggtcctggt atagatgctg
2821 gttataaaaa tagtggtata ggcacttgtc ctgcaggtac taattattta acttgccata
2881 atgctgccca atgtaattgt ttgtgcactc ccgaccccat tacatctaaa tctacagggc
2941 cttacaagtg cccccaaact aaatacttag ttggcatagg tgagcactgt tcgggtcttg
3001 ctattaaaag tgattattgt ggaggtaatc cttgtacttg ccaaccacaa gcatttttgg
3061 gctggtctgt tgactcttgt ttacaagggg ataggtgtaa tatttttgct aattttattt
3121 tgcatgatgt taatagtggt actacttgtt ctactgattt acaaaaatca aacacagaca
3181 taattcttgg tgtttgtgtt aattatgatc tttatggtat tacaggccaa ggtatttttg
3241 ttgaggttaa tgcgacttat tataatagtt ggcagaacct tttatatgat tctaatggta
3301 atctctatgg ttttagagac tacttaacaa acagaacttt tatgattcgt agttgctata
3361 gcggtcgtgt ttcagcggcc tttcatgcta actcttccga accagcattg ctatttcgga
3421 atattaaatg caattacgtt tttaataata ctctttcacg acagctgcaa cctattaact
3481 attttgatag ttatcttggt tgtgttgtca atgctgataa tagtacttct agtgttgttc
3541 aaacatgtga tctcacagta ggtagtggtt actgtgtgga ttactctaca aaaagacgaa
3601 gtcgtagagc gattaccact ggttatcggt ttactacttt tgagccattt actgttaatt
3661 cagtaaatga tagtttagaa cctgtaggtg gtttgtatga aattcaaata ccttcagagt
3721 ttactatagg taatatggag gagtttattc aaacaagctc tcctaaagtt actattgatt
3781 gttctgcttt tgtctgtggt gattatgcag catgtaaatc acagttggtt gaatatggta
3841 gcttctgtga caatattaat gctatactca cagaagtaaa tgaactactt gacactacac
3901 agttgcaagt agctaatagt ttaatgaatg gtgtcactct tagcactaag cttaaagatg
3961 gcgttaattt caatgtagac gacatcaatt tttcccctgt attaggttgt ttaggaagcg
4021 attgtaataa agtttccagc agatctgcta tagaggattt acttttttct aaagtaaagt
4081 tatctgatgt cggtttcgtt gaggcttata ataattgtac tggaggtgcc gaaattaggg
4141 acctcatttg tgtgcaaagt tataatggta tcaaagtgtt gcctccactg ctctcagtaa
4201 atcagatcag tggatacact ttggctgcca cctctgctag tctgtttcct cctttgtcag
4261 cagcagtagg tgtaccattt tatttaaatg ttcagtatcg tattaatggg attggtgtta
4321 ccatggatgt gttaagtcaa aatcaaaagc ttattgctaa tgcatttaac aatgctcttg
4381 atgctattca ggaagggttt gatgctacca attctgcttt agttaaaatt caagctgttg
4441 ttaatgcaaa tgctgaagct cttaataact tattgcaaca actctctaat agatttggtg
4501 ctataagttc ttctttacaa gaaattctat ctagactgga tgctcttgaa gcgcaagctc
4561 agatagacag acttattaat gggcgtctta ccgctcttaa tgtttatgtt tctcaacagc
4621 ttagtgattc tacactagta aaatttagtg cagcacaagc tatggagaag gttaatgaat
4681 gtgtcaaaag ccaatcatct aggataaatt tttgtggtaa tggtaatcat attatatcat
4741 tagtgcagaa tgctccatat ggtttgtatt ttatccactt tagctatgtc cctactaagt
4801 atgtcactgc gaaggttagt cccggtctgt gcattgctgg tgatagaggt atagccccta
4861 agagtggtta ttttgttaat gtaaataata cttggatgtt cactggtagt ggttattact
4921 accctgaacc cataactgga aataatgttg ttgttatgag tacctgtgct gttaactata
4981 ctaaagcgcc ggatgtaatg ctgaacattt caacacccaa cctccatgat tttaaggaag
5041 agttggatca atggtttaaa aaccaaacat cagtggcacc agatttgtca cttgattata
5101 taaatgttac attcttggac ctacaagatg aaatgaatag gttacaggag gcaataaaag
5161 ttttaaatca gagctacatc aatctcaagg acattggtac atatgagtat tatgtaaaat
5221 ggccttggta tgtatggctt ttaattggct ttgctggtgt agctatgctt gttttactat
5281 tcttcatatg ctgttgtaca ggatgtggga ctagttgttt taagatatgt ggtggttgtt
5341 gtgatgatta tactggacac caggagttag taattaaaac atcacatgac gactaagttc
5401 gtctttgatt tattggctcc tgacgatata ttacatccct tcaatcatgt gaagctaatt
5461 ataagaccca ttgaggtcga gcatattata atagctacca caatgcctgc tgtttagtgg
5521 gtactgtgtc ttatataact agtaaacctg taatgccaat ggctacaacc attgacggta
5581 cagattatac taatattatg cctagtactg tttctacaac agtttattta ggctgttcta
5641 taggtattga cactagcacc actggtttta cctgtttttc acggtactag ttccaaacca
5701 tattataatt taggtagacc ttataacttt aagcattatt aattgccaaa gtttctaagg
5761 tcacgcccta gtaatggaca tctggagacc tgagattaaa tatctccgtt atactaacgg
5821 ttttaatgtc tcagaattag aagatgcttg ttttaaattt aactataaat ttcctaaagt
5881 aggatattgt agagttccta gtcatgcttg gtgccgtaat caaggtagct tttgtgctac
5941 actcactctt tatggcaaat ccaaacatta tgataaatat tttggagtaa taactggttt
6001 tacagcattc gctaatactg tagaggaggc tgttaacaaa ctggttttct tagctgttga
6061 ctttattact tggcggagac aggagttaaa tgtttatggc tgatgcttat tttgcagaca
6121 ctgtgtggta tgtggggcaa ataattttta tagttgccat ttgtttattg gttataatag
6181 ttgtagtggc atttttggca acttttaaat tgtgtattca actttgcggt atgtgtaata
6241 ccttaggact gtccccttct atttatgtgt ttaatagagg taggcagttt tatgagtttt
6301 acaacgatgt aaaaccacca gttcttgatg tggatgacgt ttagttaatc caaacattat
6361 g
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