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LOCUS LEIKPMAX 20991 bp ds-DNA ORG 10-MAY-1991
DEFINITION Leishmania tarentolae kinetoplast maxicircle DNA complete
transcribed region and flanks.
ACCESSION M10126 J02707 M10127 M11022 N00030
KEYWORDS 12S ribosomal RNA; 9S ribosomal RNA; NADH dehydrogenase;
cytochrome; cytochrome oxidase; oxidase; ribosomal RNA.
SOURCE Leishmania tarentolae kinetoplast DNA.
ORGANISM Kinetoplast Leishmania tarentolae
Eukaryota; Animalia; Protozoa; Sarcomastigophora; Mastigophora;
Kinetoplastida; Trypanosomatina; Trypanosomatidae.
REFERENCE 1 (bases 2213 to 6561; 9425 to 16392)
AUTHORS de la Cruz,V.F., Neckelmann,N. and Simpson,L.
TITLE Sequences of six genes and several open reading frames in the
kinetoplast maxicircle DNA of Leishmania tarentolae
JOURNAL J. Biol. Chem. 259, 15136-15147 (1984)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 2 (bases 1582 to 2415)
AUTHORS de la Cruz,V.F., Lake,J.A., Simpson,A.M. and Simpson,L.
TITLE A minimal ribosomal RNA: Sequence and secondary structure of the 9S
kinetoplast ribosomal RNA from Leishmania tarentolae
JOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82, 1401-1405 (1985)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 3 (bases 1 to 1665)
AUTHORS de la Cruz,V.F., Simpson,A.M., Lake,J.A. and Simpson,L.
TITLE Primary sequence and partial secondary structure of the 12S
kinetoplast (mitochondrial) ribosomal RNA from Leishmania
tarentolae: Conservation of peptidyl-transferase structural
elements
JOURNAL Nucleic Acids Res. 13, 2337-2356 (1985)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 4 (bases 18233 to 20991)
AUTHORS Muhich,M.L., Neckelmann,N. and Simpson,L.
TITLE The divergent region of the Leishmania tarentolae kinetoplast
maxicircle DNA contains a diverse set of repetitive sequences
JOURNAL Nucleic Acids Res. 13, 3241-3260 (1985)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 5 (sites)
AUTHORS Simpson,A.G., Necklemann,N., de la Cruz,V.F., Muhich,M.L. and
Simpson,L.
TITLE Mapping and 5' end determination of kinetoplast maxicircle gene
transcripts from Leishmania tarentolae
JOURNAL Nucleic Acids Res. 13, 5977-5993 (1985)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 6 (bases 6481 to 9501; 16391 to 18232)
AUTHORS Simpson,L., Neckelmann,N., de la Cruz,V.F., Simpson,A.M.,
Feagin,J.E., Jasmer,D.P. and Stuart,K.
TITLE Comparison of the maxicircle (mitochondrial) genomes of Leishmania
tarentolae and Trypanosoma brucei at the level of nucleotide
sequence
JOURNAL J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
STANDARD full staff_review
REFERENCE 7 (bases 1 to 20991)
AUTHORS Simpson,L.
JOURNAL Unpublished (1991)
STANDARD full staff_entry
COMMENT
[Nucleic Acids Res. 13, 5977-5993 (1985)] sites; ->mRNA.
Draft entry and sequence were kindly provided in computer-readable
form by L.Simpson, 03-JUN-1986. Reprint for [J. Biol. Chem. 262,
6182-6196 (1987)] kindly provided by
N.Neckelmann, 22-SEP-1986.
The initiation point of cytochrome oxidase subunit III, and
MURF[1-3] are annotated as undetermined because the probable
start codon has not been identified.
The "pre-edited regions" noted as misc_features are regions of the
mRNAs to which uridines are added (or deleted) by RNA editing.
"MURFs" are maxicircle unidentified reading frames.
FEATURES Location/Qualifiers
mRNA complement(<11181..12865)
/product="cytochrome oxidase subunit I"
CDS join(9496..10005,10005..10124)
/note="There is a -1 frameshift at bp 10005."
/product="cytochrome oxidase subunit II"
/codon_start=9496
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
CDS join(10169..10459,10459..11190)
/standard_name="MURF2"
/note="There is a -1 frameshift at position 10459."
/codon_start=10169
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
/partial
CDS join(3326..3496,3498..4458)
/standard_name="MURF3"
/note="There is a frameshift between bp 3496-3502. This
protein is similar to ORF392 from Marcantia cloroplast and
homologous to the iron sulfur 46 kd component of NADH
dehydrogenase in complex I of the electron transport
chain."
/codon_start=3327
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
/partial
rRNA 438..1610
/product="12S ribosomal RNA"
rRNA 1639..2248
/product="9S ribosomal RNA"
CDS 2332..2589
/standard_name="ORF-1A"
/codon_start=2332
/partial
CDS 2342..2641
/standard_name="ORF-1B"
/codon_start=2342
CDS 2676..2969
/standard_name="ORF-2"
/codon_start=2676
/partial
CDS complement(2966..3268)
/standard_name="ORF-10"
/codon_start=3268
/partial
mRNA (3261.3265)..>4458
/standard_name="MURF3"
/note="major alternate"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
misc_feature 3315..3325
/standard_name="MURF3"
/note="pre-edited region"
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
mRNA (3351.3355)..>4458
/standard_name="MURF3"
/note="minor alternate"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
mRNA 4466..>5362
/product="cytochrome oxidase subunit III"
misc_feature 4511..4553
/note="pre-edited region"
/product="cytochrome oxidase subunit III"
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
CDS 4553..5362
/product="cytochrome oxidase subunit III"
/codon_start=4553
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
/partial
mRNA 5329..>6481
/note="major alternate"
/product="cytochrome b"
mRNA (5382.5386)..>6481
/note="minor alternate"
/product="cytochrome b"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
CDS 5393..6481
/product="cytochrome b"
/codon_start=5393
misc_feature 5403..5425
/note="pre-edited region"
/product="cytochrome b"
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
CDS 6482..7123
/standard_name="MURF4"
/note="5' end putative."
/codon_start=6482
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
/partial
misc_feature 6529..6606
/standard_name="MURF4"
/note="possible pre-edited region."
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
CDS complement(7125..8455)
/standard_name="MURF1"
/codon_start=8453
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
/partial
CDS complement(8548..9489)
/product="NADH dehydrogenase subunit 1"
/codon_start=9489
mRNA 9459..>10124
/product="cytochrome oxidase subunit II"
mRNA (10107.10113)..>11190
/standard_name="MURF2"
/note="major alternate"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
misc_feature 10146..10169
/standard_name="MURF2"
/note="pre-edited region"
/citation=[Publication] ??, ??-?? (1991)
mRNA 10434..>11190
/standard_name="MURF2"
/note="minor alternate"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
misc_feature 10644..10832
/note="conserved autonomous replicating sequence."
CDS complement(11181..12830)
/product="cytochrome oxidase subunit I"
/codon_start=12830
CDS 12843..13085
/standard_name="ORF-7"
/codon_start=12843
mRNA (13117.13121)..>14465
/product="NADH dehydrogenase subunit 4"
/citation=J. Biol. Chem. 262, 6182-6196 (1987)
CDS 13152..14465
/product="NADH dehydrogenase subunit 4"
/codon_start=13152
CDS 14396..14674
/standard_name="ORF-8"
/codon_start=14396
/partial
CDS complement(14732..14998)
/standard_name="ORF-9"
/codon_start=14998
/partial
CDS 14888..16696
/note="presumptive protein 5"
/codon_start=14888
mRNA 14898..>16696
/product="NADH dehydrogenase subunit 5"
CDS 14924..16696
/product="NADH dehydrogenase subunit 5"
/codon_start=14924
repeat_region 16700..20991
/rpt_type=tandem
/note="divergent region"
/citation=Nucleic Acids Res. 13, 3241-3260 (1985)
BASE COUNT 8050 a 1990 c 2437 g 8514 t
ORIGIN 1 bp upstream of EcoRI site.
1 gaattcaaaa caaataaaac ccaaaacaaa taaaatccaa attaaattaa attaaattaa
61 attaaattaa attaaaaaca aatttcgttg acacaacttt taacaatttg tttcatatat
121 aatctaaatt tttgttgttg cttgttttat accgaaaagt ttgtaatatt atttttactt
181 ttaagtaaaa gtttaattta tgttttaatt ttatttataa actacaatca ataaaatata
241 gaaaagctta tttatgatat aatacaatac cacatgatta taaaaatatt aattataata
301 atatttacac tatttattaa aagttagtaa aaaggaaata gaaataaata atcatactcc
361 atatttatta attatttttc tacacttgta aaaatataga atatatttat ttttatagtg
421 taattatagt attaaaatat taatcaaatt taattaataa gtaatattga ttttatttaa
481 ttttaagtgt ttaattatat ttttgaatta aaattttatt atttggtatt taatatttaa
541 aaatattata tattttagtt ttaaatttgt tgttttatat ttagtttaat atttatatat
601 tagtaaataa tatagattta atttaaaatt tttatgaact gttatttata gtttaatatt
661 tttagtttaa tgtttaaata tttaactaat gaaggcacag ttgttctata tgtacctata
721 aaaaatagta aaattatttt aattaaatta ataaataatt attaacttaa cttaaaatta
781 atattatgga aaatttaaaa attaaattat ttttctaata caattcatat aatatatata
841 tatattaaat tgaatattaa aaatacaaat ttaatttgtt attaatacta ttcttttaaa
901 aatgcataga gatataatat cacatataat ttattatttt aatatttaat atttgtttat
961 acaaaagtaa ctttattgaa taaaaagaat tatttttatt aattattttt taaaaatata
1021 aaaatattgt taataaaatt atcaagtttt aaaagcgttt attaaatgcg tcggtctaag
1081 atttatattt aagattattc ttgtatatag atttttattt taataattct acataattaa
1141 aaaagtacct caatatatgt ttattagtag catagtaatt tattaactaa ttattaaagt
1201 gttccataga aaattttaaa attataacaa tctaaataaa taataaatta aaataaagat
1261 tttaaaaaaa attaaaaaat taaaataggg caagtcctac tctcctttac aaagagaaca
1321 ttttatatgt aattgtatgt ttgattgggg caatactata tctagttata tagaaaaaga
1381 actataatca ttgaaataat aaaaggttcg agcaggttaa caagcattaa tactaaatgt
1441 gtttcatcgt ctacttattg ctaataaaat tgattgttca tcaaaaatgc aattcgttag
1501 ttgggttaaa atcgttgtaa agcagatttg tttatatatt taatttatat atatatttaa
1561 aaattaatat tagtacgcaa ggatctatta tttgtaattg aaattaaaaa agcatgcgtt
1621 tataataata attatacgta gtcaattgtt attattcata ttaatttttt taaaagtttt
1681 ttaattttat attagtttat ttgtttacaa atttaaatta tatttcatta tttaggaata
1741 gttaataata atttataatt ctgattagat ttatttgtta atgctattaa aggggtgtgg
1801 aaaaagtgtt aaattattta tatatttaaa taataaataa aatataactt attagtcaga
1861 aatggatgcc agccgttgcg gtaatttcta tgcttttaaa tattatacat ttattttatt
1921 aatttgttac tatttaattt tagtcaataa aaaatattaa tatttttatt tgtttttaaa
1981 caccgtccgg tatatgcaaa taaaaaatga cattaattat taattatatt atattatatt
2041 tattcacata agtcaacaat atctatttac tgtttttgac aacatgataa ggattataaa
2101 tggaattata aattttataa tcaaaactaa tttattatat taaattagca tgtttagata
2161 aaacaataaa tttagaaggt attgttgccc accattcttt gtaataaaga caacgtgcag
2221 taattaatat atttataaaa atatattttc tcatgttaaa cctttgttac tttttttatt
2281 atttagaaaa gatgtaagtg ccaatataaa taaacatata taatgtatta aattaaatta
2341 aatagtaagg agagttttcg gaaggaggga tcggaccagg aggaccagag aggtttcggg
2401 aaccagcgat ttgatttggg agaacggagc cgccgagtga aattttgccc aagagccttt
2461 tttagagcgg gagaagagtt ggatcggccg aggaaaagat cgttttcgga agggtttgag
2521 caggccaaca ttttgacttt tttgccaact tgcacaggag ggagccagaa gtctgcacct
2581 aaagtttagt tttgggagat tttttgaagg gagaggactt tcgagaagta tatttgatta
2641 ataatttaat aaattaattt tatagacagt tctaacataa atatcttttg caaattggac
2701 accccacaaa atgtggctcc ctatcttcct ctctaaatac caaaatcccc aaaatggtct
2761 ttccccctca atcctcgaat gtctcttccc ccccaaatcc taaatccgtt caatctcgct
2821 ctctctcccc cctctcctta aaaactcgct ttccaaaaaa cttatctcga aaaaaccccg
2881 ctcttcttct ctctaaaaat ctttatctca aactcccctc aaaaaatctt ccctcaaaaa
2941 aacctctccc ctcccccccc gaaacttaaa catctttata cttaatagat attaaattat
3001 ataagaaaaa tataattaaa tactctaaat tatttaataa tattaaaaaa gaatatttta
3061 taataataat attaatatgc aataagttta atcataataa aataccattt aaattaaaat
3121 atattgaatt gtaattatca acacaataca agttatttaa taaaagtata attttccatg
3181 aagtacaatt aaaagtattt aattttaaaa ttttatgtat aaacaaaata atattctttt
3241 tatggtaatt agttacagtg taagtagatt agttttaata gtaatttaaa ttttatttag
3301 ccgactacac gataaatata aaaagacact tgtatagatt tactttcgga ccccagcatc
3361 cagcagccca tggcgtatta tgttgtttat tatatctttc tggagaattt ataacgtata
3421 tagatgtaat tattgggtat ttacatcgag gtacagaaaa gttatgtgaa tataaaacag
3481 tagagcagtg tttaccgatg aagactggat tatgtaagtg tagtttgtaa tgaacattta
3541 ttatctttat gttttgaata tatgttaaga tgctgtctag caatacgttg tgcatttatg
3601 cgtctattaa tgtgtgaatt tacgcgatgt tttaatgggc ttttatgttg ttcttgcatg
3661 gttatggata taggttcatt atcaccaatg ttgtgatcat ttgaagagcg tgacaagtta
3721 atgacttttt ttgatttatg ttgcggttgc agaatgcatt tagcgtttat gtgtttatta
3781 ggtctattag atgattttgt tttcggattt atagattttt tgttaatgtt atgtatttca
3841 tgtttatttg ttttagattt gtatgatttg ctttttgtag gtaatagact tttgtatttg
3901 cgtttacgag gccttgcatt ttttgatata tttgacttat gctttaatag tattagtggt
3961 tgtttatcta gatctttagg tatggtatga gatgtaagat tatatagttg ctatgaatta
4021 tactttatgt tggtttttga ttattgtttt tgttatttag gtgatgcatt cgaccgtctt
4081 tttttacgtt tatttgatat gcgaatgagt atccttttat gcaagcagtg tttttttgta
4141 ggtttttttg tttttggctt tgtatgttta tttgattata tgtatgtgga tgttactata
4201 gaaaccataa ttagtttatt ttatagttta tgatgttgta ttttaccagg ctgttctttt
4261 gcaaatgttg aacatccaaa aggtgaatat agcctatttt tatgcttttt atatggattt
4321 atctcacgtt tacgtattcg ttgtgcagat tttgtacata tttgtttatt agatgtaatg
4381 atgcgtggtt tcatgttaca tgacttagta gcagttatcg gaaatgttga tgttgttttt
4441 ggttctgttg acaggtaaat atatatatta gtattttaat ataaaaatat aaaaagtcat
4501 tatataaaaa aggcggaggg gttttgattt ttgtttgttt tgttggtttg tcttacctgc
4561 tatttgcata gtatatttaa ctttttgttt atgtggattg ttttgtatta tgtttggtag
4621 ttttattttt atagattatt gttttatttg tttttttgca tgtttattat tttgtttggt
4681 atgtttatta tgtgacttat ttgtagactc tttaagaggt ttatttgatg tatgttgctt
4741 tatacgttgt attcagtatt gttttgtatg atttataatt agtgaattat tacttttttt
4801 atctttattt tatgtagtat ttagtttagt tttatttgtt agtgttgaat ttgcatttgt
4861 ttttgttata ccagtaatgt ttagttgttt aatttgtgat tttggttttg tattttattg
4921 atattttatt gatattttta atttactaat taatacattt ttgttatttg tgagtggttt
4981 attcgtaaat tttgttttgt ttttattttg atttcgtttt tttttatgtg ttttatttat
5041 gttatgagta ggaatattat ttggtttttt atttttgtga aatcaagtat gagaatttgc
5101 attattattt gtaacatgta gctgtggagt gtttgggtca atattatttt taatagattt
5161 attacatttt agtcatgtgt ttttaggtat atttttatta tttttatgtt ttagtcgttg
5221 ctttaatttt ttgtgtatgg atactcgttt tgttttttta tatgtagtct gtttatattg
5281 acattttgta gattgtgttt gatttttttt attacgattt gtatattttg atgtgttaag
5341 tgtagtatac ttatatgcat aagaaaataa ataaatttaa tttaaatttt aaataattat
5401 aaaagcggag agaaaagaaa aggctttaac ttcaggttgt ttattacgag tatatggtgt
5461 aggttttagt ttaggttttt ttatttgtat gcaaattata tgtggtgttt gcttagcatg
5521 attatttttt agttgcttta tttgtacaaa ttgatatttt gtattatttt tatgagattt
5581 tgatttagga tttgtgatac gtagtacaca tatatgtttt acatctttat tattttttct
5641 tctttatgtg cacattttta aatgcatagt attgataata ttatttgata ctcatatttt
5701 agtatgagct gtaggattta taatatatat atttatagta gttataggtt ttattggtta
5761 tgtgttacca tgtacaatga tgtcgtattg agggttgact gtttttagta atattttagc
5821 aactgtgcca gtgatcggta cctgactttg ttattgaatt tgaggaagtg aatatattaa
5881 tgacttcact ttacttaaat tacacgtttt acacgtttta ttaccttttg tattaatatt
5941 agtaatattt atgcatttat tttgtttaca ttactttatg agttctgatg gtttttgtga
6001 tagatttgca ttttattgtg aacgtttatg cttttgcatg tgattttatt taagagatat
6061 gtttttagct tttttaatat tattttatgt agtatacttt atattcataa attgatattt
6121 tgtttttcat gaagagtcgt gagtaattgt tgacacattg aaaacatctg ataaaatttt
6181 accagagtga ttttttctat ttttatttgg ctttttaaaa gcagtccctg ataaatttac
6241 tggtttacta ttaatggtaa tactattatt ttcattattt ttatttatat taaattgtat
6301 attatgattt gtttattgta gaagttcatt attgtgattt acatattcat taatattatt
6361 ttatagtata tttatgagtg gttttttagc tttatatgta atattggcat atcccatatg
6421 aatggagtta caattttggg tattactttt atttatgcta gttgtatgta gattagatta
6481 attttgaatt atattatata aaaaattata tcagattaag ataaataagg gttggaagaa
6541 attgcgaata ggaagggatc cagaaaggaa attagtaaga ccgagaagga gagaagggag
6601 agagagattc gtgttattta atttttatgg attgattgta tattattgta ttacatattt
6661 aaatgtttat attttatttt gtatagtttt tatgtattat atggcatttt tattttgttt
6721 ttgcttttta ttagatttta tattatttgg tagcctttta gtcggagatg catttatgga
6781 tgtatttttt ttacgatatt tattatgtgt tttagaatgt ttttctttat tatgtagatg
6841 tatatctaca tttttacgaa tgttttgtaa tttattatct tcacattttt taatgttaat
6901 gttttgtgac tttgtatatt tttttataat atttttttta ttttttataa tgtgtgattt
6961 tatttatttt attatattta catttgcaat gttattttgt ataatttttt atttattttt
7021 atatgcatta gatatgtttt gtgcattatt acaaatattt atattttgta atatgataat
7081 gcagttaata atggattttt tattattatt atcttttcat taaattataa aattaagtca
7141 aataaattaa taatgtcaaa aaatagaatg aagatgctaa aacttaatat aaaaaataga
7201 tttgaaaatc ctaaaatatg aagacgcaca acccaaaatc ctatgaattg ataagaaaat
7261 ataaaaatat ttattataag tctaaaatag aaaatataaa taataataag tcaaataata
7321 gaaaaaaata ctatgcagat acctaaataa cttaaatgta gtagtaaaca aaatactttt
7381 aaaaaaaatc caaatacaat aggaatagac ccaatgcata aaaatataca tgctatcata
7441 atactaatta ataaattatt aaaaaagcta aaaaaaataa aattaattaa gaagtagttt
7501 tcattatatt ttatatcaaa catgttataa acaataaaaa aataatataa tataattaat
7561 ataataagac ttaatgaata tattaaatga aagttaagat acatataaaa tatgtagttt
7621 tttgtagaaa taaatattaa aaataaaaaa ctaaaattgt taacactaag tacaaataaa
7681 agactaacaa ttgcaaagct atttaatcca attaacacgc aagtaatact ttgtatgatt
7741 ataagtttaa taaatataat ataaaagtaa ataaaacaaa taagtagtat aataagaata
7801 aaacaaaaaa gaacataaaa agtcagcata taaataaaaa taaatacacc aagtcgtata
7861 tataattgtt ctaaaaataa aattaatata gcaatatata atttaaataa aattaataat
7921 atataaaata gacaaagaat accaagtcac tcttcatcaa atattagaaa gcaaaagtca
7981 cataaataaa aacaataatt taatatcata taatataata atacgaataa tagtataaag
8041 tttattaaat ttatcatata gtagtatcat aatattaata ttttataccc aaacctacta
8101 gaaattaaaa tgagaaaaag aagtagacta aataattcaa aaagtattga tataaatagt
8161 atatgtatta catgtaaaaa cataaatatt attatgtatt gcattattat aatcataaat
8221 acaaatctgg tatcaaaatt taaaaaacaa aacagaaaaa agaaacagaa tagaaatagc
8281 aataaaaata taaaacatat atatgagtct aaaatagtta atattattat attaataatt
8341 attaatcata ttaaatcaaa agataaataa aatagagaag tgtaatcgca taagataata
8401 aaactatata gcaataaaaa taaaattata tgaattaagt ataagaacaa ggatttttga
8461 aaggagagga cagtcttaag gatttttgag gtagagattt gaggggaaag ggggggacca
8521 gaagaacatt taaaagagtt ttcgatatta aaataacata gctattattt ttgttgtgaa
8581 aagtcaaata aacattagta cacacatata aaataaaaat attaaaataa aagcctgtgc
8641 agttgttatt tttaatctgt atccaataac tcttggataa aaaaatccaa aaattaaaat
8701 aagtatagct ttaaaacaga taaataaacc accaaaacat aggcttgcaa ataaaagtgt
8761 tgtgagtaag atgtgattga tctcaagtac agagtataaa acaaaaaaaa atcctgataa
8821 ttcagtgatt aggcctgcta ctaattcact ttcacattcc atatagtcaa acggtaattt
8881 taacccatct aataacatac ttactcaaaa tacacttata aataatacgc cagcaatata
8941 aaaatttgta atataaattt gaccaacgca aacatcttta ataccaaaga agctaaagta
9001 atctaaagaa taaatagtag tatatagtaa aaatatgccg ctttctgata taatactaaa
9061 gaacattgtt ctcatagcag ataagtaaac aaaacaacta gagaataaaa aacagcctac
9121 aaaaaatgtg ctgaacatac tacaaaaaac gtgaacacat aacataactg tcaatgtaaa
9181 tccagtgtct aataataata tgaaacctat tggaaaataa aatcacccta aaaatataca
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