GenBank-Updates@genbank.bio.net (05/29/91)
LOCUS BRVRNPOL 7920 bp ss-mRNA VRL 28-MAY-1991 DEFINITION Berne virus mRNA for polymerase ACCESSION X52374 KEYWORDS polymerase. SOURCE Berne virus RNA. ORGANISM Berne virus Viridae; ss-RNA enveloped viruses; Positive strand RNA virus; Toroviridae. REFERENCE 1 (bases 1 to 7920) AUTHORS Snijder,E.J. JOURNAL Unpublished (1990) STANDARD full automatic REFERENCE 2 (bases 1 to 7920) AUTHORS Snijder,E.J., Den,B.J.A., Bredenbeek,P.J., Horzinek,M.C., Rijnbrand,R. and Spaan,W.J. TITLE The carboxy-terminal part of a putative Berne virus polymerase is expressed by ribosomal frameshifting and contains sequence motifs which indicate that toro- and coronaviruses are evolutionarily related JOURNAL Nucleic Acids Res. 18, 4535-4542 (1990) STANDARD full automatic COMMENT *source: strain=isolate P138/72; *source: cell line=berne virus-infected embryonic mule skin cells; From EMBL entry BVRNPOL; dated 10-AUG-1990. FEATURES Location/Qualifiers CDS <1..1054 /note="1st polymerase reading frame (352 AA) (1 is 3rd base in codon)" /codon_start=1 misc_feature 514..744 /note="polymerase motif" misc_feature 1045..1103 /note="ribosomal frameshift inducing region" CDS 1045..7920 /note="polymerase (AA 1-2291)" /codon_start=1045 misc_feature 1099..1367 /note="helicase (NTP-binding) motif" BASE COUNT 2393 a 1148 c 1600 g 2779 t ORIGIN 1 agtacgttat attacattaa atttaacaga ccatttacaa aaacaaagcc ttaaaccacg 61 tagacgactt cagtatagac aacagggtgt tagattggga ggtgttaatt taggtgaaca 121 tcaagccttt tcaaatgagt taatttcaac tgttggttat actacatggg tttcatcaac 181 tgtgtgtaga gataatactc acaagcatcc atggtttgtt cagatacctg ttaatgaaaa 241 agatcctgaa tggtttatgc acaacactca gctgaaagat aatcagtggg tagttgacct 301 caaaccaact cactggttgg ttaatgctga tactggtgaa caactttttg cattgtcctt 361 aactgatgaa caggctttga aagcagaggc cattttgcag aagtggtcac caataacaca 421 ggatgttgag tgttggttta aagatttaaa aggctattat acagttagtg gatttcaacc 481 actgtggcct gtttgtcctg ttaatatttg taatgttaga cttgatccag tttttaagcc 541 tcagtctata gtttatgctg atgatcctac tcattttctt tctttacctg ttgtaaataa 601 aaattttctt gctgcatttt atgatttaca ggagggtttt ccaggtaaga aacaagttgc 661 accacatatt tctctcacaa tgttgaagtt gagtgatgaa gatatagaga aagttgaaga 721 cattcttgat gagatggttt tgcctaattc atgggtaacc ataacaaacc ctcatatgat 781 gggtaaacat tatgtttgtg atgttgaggg tcttgattca cttcatgatg aggttgtgtc 841 ggtgcttaga gagcatggca ttgcttgtga ccaaaaacgc ctttggaaac cccatttgac 901 tattggtgag ttaaatgatg taagttttga taaatttaaa gattttgcaa ttagttgtaa 961 gttagaggat tgtgattttg ttaaattggg tgcgcctaag gcaaatgcta ggtatgaatt 1021 tataacaact cttcctttgg gtgatttaaa ctgttgagag gtgcctggag cgcctgcagg 1081 catctctgtt ttcaaaatgg cgcataccag tcttcaaggt caaaacatta tattgatttg 1141 gcaactgagt ataatgcagg cattgtgaaa gttaataaat ctaatactca ttcagttgaa 1201 tatcagagta aacgctttat gattaagcgt gtgaaagatc aaagtgaatt tgcattagca 1261 aagaccgcgt ttttaccatc aataatacct caccatatgg aaaaacaaaa tggtgaatgg 1321 tttttgatac gcggtcctac atctcagtgg 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