GenBank-Updates@genbank.bio.net (05/29/91)
LOCUS BRVRNPOL 7920 bp ss-mRNA VRL 28-MAY-1991
DEFINITION Berne virus mRNA for polymerase
ACCESSION X52374
KEYWORDS polymerase.
SOURCE Berne virus RNA.
ORGANISM Berne virus
Viridae; ss-RNA enveloped viruses; Positive strand RNA virus;
Toroviridae.
REFERENCE 1 (bases 1 to 7920)
AUTHORS Snijder,E.J.
JOURNAL Unpublished (1990)
STANDARD full automatic
REFERENCE 2 (bases 1 to 7920)
AUTHORS Snijder,E.J., Den,B.J.A., Bredenbeek,P.J., Horzinek,M.C.,
Rijnbrand,R. and Spaan,W.J.
TITLE The carboxy-terminal part of a putative Berne virus polymerase is
expressed by ribosomal frameshifting and contains sequence motifs
which indicate that toro- and coronaviruses are evolutionarily
related
JOURNAL Nucleic Acids Res. 18, 4535-4542 (1990)
STANDARD full automatic
COMMENT *source: strain=isolate P138/72; *source: cell line=berne
virus-infected embryonic mule skin cells;
From EMBL entry BVRNPOL; dated 10-AUG-1990.
FEATURES Location/Qualifiers
CDS <1..1054
/note="1st polymerase reading frame (352 AA) (1 is 3rd
base in codon)"
/codon_start=1
misc_feature 514..744
/note="polymerase motif"
misc_feature 1045..1103
/note="ribosomal frameshift inducing region"
CDS 1045..7920
/note="polymerase (AA 1-2291)"
/codon_start=1045
misc_feature 1099..1367
/note="helicase (NTP-binding) motif"
BASE COUNT 2393 a 1148 c 1600 g 2779 t
ORIGIN
1 agtacgttat attacattaa atttaacaga ccatttacaa aaacaaagcc ttaaaccacg
61 tagacgactt cagtatagac aacagggtgt tagattggga ggtgttaatt taggtgaaca
121 tcaagccttt tcaaatgagt taatttcaac tgttggttat actacatggg tttcatcaac
181 tgtgtgtaga gataatactc acaagcatcc atggtttgtt cagatacctg ttaatgaaaa
241 agatcctgaa tggtttatgc acaacactca gctgaaagat aatcagtggg tagttgacct
301 caaaccaact cactggttgg ttaatgctga tactggtgaa caactttttg cattgtcctt
361 aactgatgaa caggctttga aagcagaggc cattttgcag aagtggtcac caataacaca
421 ggatgttgag tgttggttta aagatttaaa aggctattat acagttagtg gatttcaacc
481 actgtggcct gtttgtcctg ttaatatttg taatgttaga cttgatccag tttttaagcc
541 tcagtctata gtttatgctg atgatcctac tcattttctt tctttacctg ttgtaaataa
601 aaattttctt gctgcatttt atgatttaca ggagggtttt ccaggtaaga aacaagttgc
661 accacatatt tctctcacaa tgttgaagtt gagtgatgaa gatatagaga aagttgaaga
721 cattcttgat gagatggttt tgcctaattc atgggtaacc ataacaaacc ctcatatgat
781 gggtaaacat tatgtttgtg atgttgaggg tcttgattca cttcatgatg aggttgtgtc
841 ggtgcttaga gagcatggca ttgcttgtga ccaaaaacgc ctttggaaac cccatttgac
901 tattggtgag ttaaatgatg taagttttga taaatttaaa gattttgcaa ttagttgtaa
961 gttagaggat tgtgattttg ttaaattggg tgcgcctaag gcaaatgcta ggtatgaatt
1021 tataacaact cttcctttgg gtgatttaaa ctgttgagag gtgcctggag cgcctgcagg
1081 catctctgtt ttcaaaatgg cgcataccag tcttcaaggt caaaacatta tattgatttg
1141 gcaactgagt ataatgcagg cattgtgaaa gttaataaat ctaatactca ttcagttgaa
1201 tatcagagta aacgctttat gattaagcgt gtgaaagatc aaagtgaatt tgcattagca
1261 aagaccgcgt ttttaccatc aataatacct caccatatgg aaaaacaaaa tggtgaatgg
1321 tttttgatac gcggtcctac atctcagtgg agtcttggtg accttgtcta tgcaatttgg
1381 cttggtgatc aggattattt gtctgagtgt ggttttgttt ttaatccatc aagagatgag
1441 tttttggatg atgctaatca aaggtcattt ttggcaaatt tgcttgagcc tgcaatttta
1501 aatttttctc atatctattg gcaagttaaa atgtgtaaag ttccctacaa gttaacattg
1561 gataatgtgg atttgaatgg tcagctttat gattttggtg attatccttg tccaaatagt
1621 gtagataatc aatctgcgct ttttgttttg gctgaagttt ggtctatgac tcgcagacca
1681 tttccagtag cttttgcaag gcttcttgct aatgagatgg aaataccaac agactatcag
1741 atgttttttc agaacatttt attgtctggt agctacttgg ataaagcact ttgtttgaat
1801 aatgtaagac cgtttttgag cgatccagcc aatttaacaa ctacaccatt tttttcacaa
1861 cataatggtg tttggacaca tttttataac cccatttatg gtttggttga atgtaattta
1921 gatgaatttg ctgaattgcc tgaagtttta caacaacttg taactgtgca gggcccaata
1981 actaataata tgacaccggc tatatcagtt ggagaaggtg tctatgcagc taatgttcca
2041 tccgcatctg ctactaaaca gaagatacct ttttatgatg ttggtttgtg ccaagaattg
2101 actgatgctg gtgttgattg tggtgaagca tttaaatatt tttattattt atctaaccca
2161 gctggcgcat tggctgatgt ttgctattat gattatcagg gtactgggtt ttattcccca
2221 aagttattag caggtgttta tgattttatg aaaagggtaa cagaatgtta taggataaat
2281 gagagattta catatgagca agcaaagcca agaaagtcat caatgggaat aaatataaca
2341 ggatatcaac aagatgcagt ttatcgtgct ttgggccctg aaaatattgc aaggttgttt
2401 gaatatgcac agaaagctcc attgccattt tgtacaaaaa taataacaaa gtttgcattg
2461 tcagctaaag caagagcaag aacagtttcc tcatgctcat ttatagcatc aacaatattt
2521 agatttgcac ataaaccagt aacatctaaa atggttgaag tagcacagaa ttcaggtggc
2581 ttttgcctca ttggtgtatc caagtatggt ttaaagtttt caaagttttt gaaagataag
2641 tacggtgcta ttgagggttt tgatgtgttt ggtagtgatt acaccaagtg tgaccgtaca
2701 tttccactgt catttagagc tttgacagcc gcacttctct atgaattagg ggagtgggat
2761 gagaagtctt ggttatatct taatgaggtg aattcctaca tgttggatac tatgctgtgt
2821 gatggaatgc tacttaacaa acctggaggg acatcatctg gtgatgccac aactgcccac
2881 tcaaatactt tttataatta tatggtgcat tatgttgtag cttttaaaac aattttgtca
2941 gatctttcag aaggcaataa ggttatgaga attgcagcac ataacgccta tacaactggc
3001 gattatcaag tgtttaatac gctgcttgaa gatcaatttc agacaaatta ttttttaaat
3061 tttttgtctg atgattcttt tatattttca aaacctgagg ccttaaaaat ttttacttgt
3121 gaaaattttt caaataagct acaaactatt ttacatacaa aagtagacca aacaaaatca
3181 tggtctacga aaggtcatat tgaggaattt tgttcagcac atataattaa aacagatgga
3241 gagtatcact ttttaccatc taggggcaga ttgttggctt cattgctgat tcttgataag
3301 ctttcagatg ttgatattta ttacatgaga tttgttgcaa tcttgtgtga atctgctgtt
3361 tattcaagat atcagcctga gttttttaat ggtttgtttc aagtgtttct tgataaagta
3421 caacagttta gaaaggatta ttgctgtgat ccgtgtccac ctcaactctt agagcgtgag
3481 ttctatgaga atttagtttt tacatcaaat agtgaggtgg gtattgttga ttgctatcta
3541 gagaatttta agcttcaatg tgagtttaaa caacaggcaa attttgataa agtgtgtttt
3601 tgttgtccca atcctgcagt ttcagtttgt gaagagtgtt atgttcccct tcccctttgt
3661 gcgtattgtt attatgtgca tgttgtaatt agtaatcata gtaaagtaga ggataagttt
3721 aaatgttttt gtggtcaaga taatattagg gagttgtata tagtattaaa taatagtatt
3781 tgtatgtatc agtgtaaaaa ttgtgtagag agtgatagat taagaattag tttgttaagt
3841 gatgttgatc aaattgttag gttaccaggt tttaagtcaa attctgcctc cattgcaaaa
3901 aatggagttg ctcaactttt aacatcagtt gataatgttg atgtatcttt agactggaat
3961 tatcaagaaa gtgttcaaca gaatgtagct cgcattgttt atcattctgc aaatatgact
4021 caaatgtcta ttgaagttgt gtatgtgagc tttacgcttg tgcgtaatga tggttctagt
4081 gcaatacttg atataccaaa ttttaaatgt ccagatacat cttattgttt attttataag
4141 cctggtaaaa gtggtgtgtt gaagtttaca gggaaaggga ctttaacatc atgctatgat
4201 aataagaatt tgacctggtt taaggttaca tgtccagatt ttaaccaacc atggcgtctt
4261 gctacatgtt ttgttattca acagcatgat gttgtttacc caccaattaa ggcaacacag
4321 tatgagaatg tcacctttgt tatgggacca cctggaactg gcaaaacaac ctttgtttat
4381 gatacatatc tctcgaaagc atcttcttcg aaccgttttg tctattgtgc accaacacat
4441 agacttgttg gagatatgga tgagaaggtt gatggtgcag ttgttgtttc agcatataac
4501 gataggactt accgcaatcc agtttggaat aaggatgatt cttacggtgt cctactttgc
4561 acacataaca cgttgccatt tattaaaagt gctgtgttga ttgctgatga agtttcccta
4621 ataccaccac atgtgatgat taaaattttg tccatgggtt ttaaaaaggt tgtgttgtta
4681 ggagatccat ttcagttaag cccagtttat aaaaatcata aagtgcattt taaatatgat
4741 actttttatt tattacagct tgcaacacaa aaacgctatc ttacagcatg ctatcgatgt
4801 ccaccacaaa tcttaagtgc tttttcaaag ccttattgtg atgttggtgt tgatttagtt
4861 tcttttaata acaaaccagg taagtttgat ataattgtta gtaaacagct tgccaatatt
4921 caagatttta gtgtactttc tgtattgtca aaagagtacc ctggttatgt tattttagtg
4981 aactatagag ctgctgttga ttatgcaatg caaaatgggc ttggtgatgt gacaactatt
5041 gattcatctc aaggaacaac cgctgcaaat catttgctgg tattatttgg agcatccaat
5101 ttttctaaaa cagtaaatcg tgttattgta ggctgttcaa gatctactac ccatttagta
5161 gtggtttgtt gcccagaact ttttaagcat tttcaaccaa ttttaaattg gccagaacca
5221 aagtatcgtt attttggcat ggaaaagcag tctgatttta atataatacc agaagtgtca
5281 tctcttgtgt tttgtgatat agagttttgg cattataaag cagaccccaa ttccaaaact
5341 cgtacagttt atcctgggca aattgctgtt gtaacatctc aaactttaca gttatacctt
5401 ggagtctttg atgacactgg ctataagtca gcgcttcggg ggctaccaaa ggatgtttat
5461 gtaccaccta attgggtttg gatgagaaaa cattatccat cttatgaaca acatgcttat
5521 aatatgcagc ggctgtttaa gtttataatt gatacaacct ttggacaacc atggtttatt
5581 ttgtatagtt gtagtaatga tttaaagagt ttaaagtttt atgtggaatt tgatacttgt
5641 tatttttgta gttgtggtga aatggccatt tgcctaatgc gtgatggcaa ttataaatgt
5701 agaaattgtt atggtggaat gttgataagt aaattagtta attgtaaata tttagatgtg
5761 caaaaagaaa gagttaagtt acaagatgcc cacgatgcta tttgtcagca atttcatgga
5821 gattctcatg aagcattgtg tgatgctgtg atgacaaagt gcctgtattt ggcaagctat
5881 gaagctgcat ttaaagatac tatacatgtg aaatataaag atctttgctt agaaatacag
5941 tataaaatta caagttcttt tgttcgatat gatagtgttc ataaacgcta tttatatcgt
6001 gatcatggtg ccatgtatta ttttagaaca cctaggtctc caatgcaaaa tgtgtataag
6061 tatgaagttg gtagtcatgc agagtatagt ataaacatct gtactagtta tgaaggatgt
6121 caatcatttg gtaaaacgtg cacaaagtgt atacatatac attgcattgt tgagcagttt
6181 atggcagatg aaagatttaa agaatttata cttgtttctg ttgttaagtc agattatgtg
6241 gaacaagcat tgtcaccagc agcaaaagct ttgatgttaa cggttacgaa ggtggaggac
6301 aaaagttttt atatttcaaa tggtgttcgc tatgatctct atgattatga cttgagtaaa
6361 tcagtcatga gagtagtgaa ctccaatgtt aaaccactcc ctttgtattc cgttattgtg
6421 ggtcttggaa ttaattgtac tgttggctgt gttttaccta atgtgccaat gaaattaaaa
6481 gatgaattgc ttattacaga tgtaccatta tcaaccttac ggttagattt gcaaacgtgg
6541 tactatattt cctggcccac attaagtaat aaaaattctc gttggaaatt agctggagca
6601 caagtttatg attgttctgt gcatatttat atagaggcta ctggagaaca accactttat
6661 tatttacaac aaggtaaagg tgaaagcctc tttgaactgc ctgatacact tttttcaact
6721 ggcagattgt ataacttaga ccatgatgct gcacagaatt ttaatgttaa acagttagcc
6781 attgaaacaa tgccaaataa tcatcatgtt ttttcaggag attttactga agttggaact
6841 gatataggtg gagtacatca tgttgttgca ttgaatggct ataagggtag tataattcca
6901 aattatgtca agccaatagc aacaggtttg ataaatgttg gaagagctgt aaaacgtact
6961 acccttgttg atgtttgtgc taatcagcta tatgagaaag tgaaacaaca gttagaagga
7021 gttaaagtga gcaaagtaat ttttgtaaat attgattttc aagatgtaca gtttatggta
7081 tttgccaatg gtgaagatga tatacagact ttttaccccc aaaaggattt tgtaaggtcg
7141 tattatgagt ggccaaatat tttaccacaa attgagtccc attatgacct taaaaattat
7201 ggtcaaaatc caacatttat gccgcaacct gtgaattttg ctaaatatac acaaatttgt
7261 acctttattc aagatcatgt gaaggtggca cgaaatgcct tggtttggca tttaggtgcg
7321 gctggtgttg atggttgttc acctggtgat attgtactgt cttctttttt taaagaatgt
7381 ttagtttata gttgggatat taaggattat agtacattat tagataagca tagttatgat
7441 tgtaatttta ggcctaattt aatagtaagt gatatatata atgtaagtag taatgtaagt
7501 gaagttttgg atgattgtgt gcatcgactt gcattgggag gaacaatagt ttttaaaaca
7561 actgaaagtt caagaccaga tatacaatta agtcagttta caaaatattt ttcagctgta
7621 caatttttta cagctggtgt gaatacctcc tcttcggagg tttttgtcgt cttgaaatat
7681 aaattgtatt ccgaaccaat aggtgaggaa ttgtgttctc ccaatatttt aagtcgtatt
7741 gctgcttata ggaataagtt atgtatagtg cctaatttta aagtgtttag tactagtttt
7801 agttataagt atagtggtgt taagtttgtg caaaaatgtt tttatgtttc tgtgccgcga
7861 cagttttgtg cttctggatt aattcaggag gtgccgatgt tgtgccaaat ggaacattaa
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